バードノートでは日本に生息する野鳥に加えて、日本で見られるカエルと哺乳類を入力することができます。野鳥以外の種も、ログインした状態で自分のデータの検索やクロス集計を行うときは野鳥同様に扱われますが、他ユーザーの記録を見られるバードノートVer.3の閲覧モード（GoogleMaps画面）では野鳥以外の種は表示されません。

日本の野鳥

　日本鳥類目録第8版（日本鳥学会が2023年9月に公表）の種名をすべて含み、さらに独自に種を追加してあります。第7版から8版への変更部分はバードリサーチニュースの記事をご覧ください。日本鳥類目録は国内で出版されるほとんどの図鑑が使用している分類体系です。

　鳥類目録第8版への移行時にバードリサーチが独自に設けた名前に「サンショウクイ類」があります。第8版ではそれまでの「サンショウクイ」という種が「サンショウクイ」と「リュウキュウサンショウクイ」に分割されました。第7版までリュウキュウサンショウクイは、サンショウクイの亜種でした。第8版の分類が浸透するまでのあいだ、「サンショウクイ」という種名での記録は、第8版のサンショウクイなのか、第7版以前のサンショウクイ（リュウキュウサンショウクイを含む）なのかが分からなくなってしまいます。そこで、バードノートに記録されている第7版以前の「サンショウクイ」は「サンショウクイ類」に変換させていただきました。今後、第8版のサンショウクイを記録する場合は、第7版のサンショウクイではないことを明示するために「亜種サンショウクイ」と入力してくださるよう、ご協力をお願いいたします。第8版の「サンショウクイ」と「リュウキュウサンショウクイ」のどちらか区別が付かない場合は「サンショウクイ類」と入力してください。

日本のカエル

　main_bird_idの60000番台は、日本産カエルの種名リストです。

日本の哺乳類

　main_bird_idの70000番台は、日本産哺乳類の種名リストです。哺乳類リストは環境省が1997-98（平成9-10）年度に実施した「種の多様性調査」において作成された 種の多様性調査（動物分布調査）対象種一覧を使用しています。